Inaugurato nel 2001 dal cardinale Carlo Maria Martini, a cui è stato poi intitolato nel 2017, il Museo è il punto di arrivo di un importante progetto a cui hanno dato il loro decisivo contributo alcune delle più grande figure di arcivescovi milanesi del Novecento. Sarà infine del Cardinal Martini, negli anni Ottanta, il difficile compito di dare inizio ai lavori di ricostruzione dei chiostri, gravemente danneggiato dai bombardamenti della seconda guerra mondiale, affidati allo studio Belgiojoso. A partire dal 1994 la Fondazione Sant’Ambrogio è incaricata della costituzione e della gestione del Museo: sarà il Presidente della Fondazione, Monsignore Luigi Crivelli, insieme al primo Direttore, Paolo Biscottini, ad aprire il Museo con l’idea che uno degli scopi principali della nuova istituzione fosse la valorizzazione dell’ingente patrimonio artistico della Diocesi ambrosiana, considerato tanto nella sua specifica valenza storico artistica, quanto come testimonianza di un’interrotta storia di fede e di bellezza cristiana. Il progetto di allestimento museografico è stato affidato nel 1996 allo studio dell’Architetto Antonio Piva. La Collezione permanente del Museo Diocesano Carlo Maria Martini conserva e promuove i preziosi beni artistici appartenenti alla Diocesi, e pezzi minori provenienti dai musei e dai tesori della Chiesa di tutta la Lombardia: quasi mille opere, comprese tra il II ed il XXI secolo, giunte come lasciti, depositi o donazioni. In continuo e dinamico arricchimento, le collezioni sono attualmente allestite lungo i tre corpi restaurati del secondo chiostro di Sant’Eustorgio.
